Με την κατάκτηση της Κύπρου το 1191 και την εγκατάσταση της δυναστείας των Λουζινιάν και της Λατινικής Εκκλησίας, η Ορθόδοξη Εκκλησία για να επιβιώσει, υποχρεώθηκε σε υποταγή στον Πάπα (1260-BullaCypria). Η παράλληλη κατάκτηση της Κωνσταντινούπολης από τους Σταυροφόρους το 1204 αποκόπτει την Κύπρο από τη βυζαντινή παράδοση και η τέχνη του νησιού, με την εισροή ζωγράφων από τη Δύση και την Ανατολή, ιδίως μετά την πτώση των σταυροφορικών κρατιδίων στη Συρία και στην Παλαιστίνη, αποκτά μια ιδιομορφία.

   Οι   εικόνες   του   Αγίου  Νικολάου  της  Στέγης   με   δωρητές από την ομώνυμη εκκλησία  στην Κακοπετριά και της Ένθρονης Παναγίας με δωρητές από τον ναό του Αγίου Κασσιανού μαρτυρούν την ύπαρξη στην Κύπρο μικτών εργαστηρίων που ζωγράφιζαν εικόνες τόσο για Ορθόδοξους, όσο και για Καθολικούς. Οι μορφές χαρακτηρίζονται από μεγάλα μάτια με υπερμεγέθεις ίριδες, βλέφαρα και μύτη που περιγράφονται με κόκκινη γραμμή. Τα σαρκώματα, ιδίως κατά το β΄ ήμισυ του 13ου αιώνα χαρακτηρίζονται από διαφάνεια και πορσελάνινη υφή, όπως η εικόνα τηςΑγίας Μαρίνα απο την ομώνυμη εκκλησία του Πεδουλά. Η τεχνική της pastiglia που αναπτύσσεται στην Κύπρο ήδη από το τέλος του 12ου αιώνα, επιτρέπει την αντικατάσταση των πολυέξοδων  αργυρεπίχρυσων επενδύσεων των εικόνων με γύψινες, έξεργες διακοσμήσεις στον κάμπο και στους φωτοστεφάνους των εικόνων, όπως στις εικόνες της Παναγίας Ελεούσας καιΑγίου Παύλου από την εκκλησία της Παναγίας Χρυσαλινιώτισσας. Η ζωγραφική της Κύπρου, στο κοσμοπολίτικο πνεύμα των σταυροφοριών και την δύσκολη επαφή με το Βυζάντιο, εμπλουτίστηκε εικονογραφικά σε δευτερεύοντα σημεία της εικόνας από την εικονογραφία της Ανατολής και της Δύσηςκαι υιοθέτησε την συνήθεια της απεικόνισης των δωρητών σε αφιερωματικές εικόνες ή σε εικόνες υπέρ μνήμης των νεκρών. 

  Το 14ο αιώνα, οι επαφές με την Κωνσταντινούπολη πυκνώνουν και η επίδραση της Παλαιολόγειας τέχνης γίνεται αισθητή στην ζωγραφική της Κύπρου, όπως φαίνεται από την εικόνα του Χριστού με Αγγέλους και δωρητές που φέρει χρονολογία 1356, την αμφιπρόσωπη λιτανευτική εικόνα με τη Σταύρωση και την Παναγία Βρεφοκρατούσα από την εκκλησία του Αγίου Λουκά και από εκείνη από την εκκλησία της Αγίας  Μαρίνας Καλοπαναγιώτη με την Παναγία Αθανασιώτισσα και την Αποκαθήλωση κ.ά.. Χαρακτηριστικά της τέχνης αυτής είναι το πλάσιμο των προσώπων με βαθμιαία εξασθενημένους τόνους, η προσπάθεια για απόδοση των όγκων, το μαλακό πλάσιμο των πτυχώσεων των ενδυμάτων και  ο αρμονικός συνδυασμός των λαμπερών χρωμάτων. Οι αποτοιχισμένες τοιχογραφίες του 14ου αιώνα από την αψίδα της εκκλησίας του Αγίου Νικολάου της Στέγης στην Κακοπετριά με την Ανάληψη, την Πεντηκοστή και την Πλατυτέρα παρουσιάζουν την αντίστοιχη εξέλιξη της μνημειακής ζωγραφικής στην Κύπρο κατά την περίοδο της φραγκοκρατίας. Επισημαίνεται ο συντηρητικός χαρακτήρας της κυπριακής ζωγραφικής που εμμένει στα πρότυπα από την Βασιλεύουσα. 

  Προς το τέλος του 14ου αιώνα και κατά τον 15ο αιώνα τα χρώματα γίνονται σταδιακά φωτεινότερα αλλά λιγότερο έντονα λόγω της χρήσης του λευκού χρώματος και γίνεται κανόνας η χρήση των γραμμόσχημων ψιμμυθιών, όπως λ.χ. στην εικόνα του Αρχαγγέλου από το ναό της Παναγίας Φανερωμένης στη Λευκωσία, του 15ου αιώνα .