Την ίδια χρονιά, του δόθηκε
υποτροφία από το Παγκόσμιο Συμβούλιο Εκκλησιών και πήγε στις
Ηνωμένες Πολιτείες Αμερικής για περαιτέρω θεολογικές σπουδές.
Παρακολούθησε για δυο χρόνια μαθήματα στο Πανεπιστήμιο της
Βοστώνης με ειδίκευση στην Κοινωνιολογία της θρησκείας.
Στις 8 Απριλίου 1948 εκλέγηκε
Μητροπολίτης Κιτίου και στις 13 Ιουνίου χειροτονήθηκε σε
Επίσκοπο. Η δράση του ως Μητροπολίτη Κιτίου ήταν καθ’ όλα
γόνιμη, αφού ανακαίνισε τη Μητρόπολη στη Λάρνακα, βελτίωσε την
οικονομική κατάσταση του κλήρου, ίδρυσε Φιλόπτωχες Αδελφότητες
και αναπτέρωσε το ηθικό του εξουθενημένου λαού.
Ως Πρόεδρος του Γραφείου
Εθναρχίας, πήγε το 1949 στην Ελλάδα όπου είχε συνομιλίες με τον
Βασιλιά, τον Πρωθυπουργό και άλλους επισήμους, για το Κυπριακό
πρόβλημα. Μετά από εισήγησή του, η Ιερά Σύνοδος της Εκκλησίας
της Κύπρου οργάνωσε στις 15 Ιανουαρίου 1950 Παγκύπριο
Δημοψήφισμα κατά το οποίο 97% του Ελληνικού Κυπριακού πληθυσμού
ψήφισαν υπέρ της ένωσης της Κύπρου με την Ελλάδα.
Στις 20 Οκτωβρίου 1950
εκλέγηκε Αρχιεπίσκοπος και Εθνάρχης, σε διαδοχή του Μακαρίου Β΄. Αμέσως μετά την εκλογή του ως
Αρχιεπισκόπου, ίδρυσε την Παγκύπρια Εθνική Οργάνωση Νεολαίας.
Αργότερα επισκέφτηκε και πάλι την Αθήνα, όπου προσπάθησε να
πείσει την Ελληνική Κυβέρνηση να προσφύγει στον Οργανισμό
Ηνωμένων Εθνών για το Κυπριακό ζήτημα. Επιστρέφοντας στην Κύπρο
υπέβαλε διαμαρτυρία στην Επιτροπή μη αυτοκυβερνωμένων εδαφών των
Ηνωμένων Εθνών για την παράλειψη της Μ. Βρετανίας να υποβάλει
έκθεση για την πολιτική κατάσταση στην Κύπρο.
Τον Οκτώβριο του 1952 πήγε στη
Νέα Υόρκη, όπου συγκροτείτο η Ζ΄ Σύνοδος της Γενικής Συνέλευσης
του ΟΗΕ, για να προωθήσει το Κυπριακό ζήτημα στο διεθνές πεδίο.
Ερχόμενος πίσω στην Κύπρο απηύθυνε επιστολή στον Κυβερνήτη
ζητώντας του την προώθηση της εφαρμογής του δικαιώματος
αυτοδιάθεσης. Η απάντηση του Κυβερνήτη ήταν αρνητική και ο
Αρχιεπίσκοπος επέκρινε την πολιτική της Μεγάλης Βρετανίας στην
Κύπρο. Τον Αύγουστο του 1953 απηύθυνε αίτηση προς το Γενικό
Γραμματέα του ΟΗΕ για να περιληφθεί στην ημερήσια διάταξη της Η΄
Συνόδου της Γενικής Συνέλευσης του Οργανισμού θέμα εφαρμογής του
δικαιώματος αυτοδιάθεσης του Κυπριακού λαού.
Στις 9 Μαρτίου 1956 εξορίστηκε
στις Σεϋχέλλες, αφού οι συνομιλίες που είχε με τον Κυβερνήτη για
το μέλλον της Κύπρου δεν κατέληξαν σε συμφωνία. Αφού αφέθηκε
ελεύθερος, μετά από ένα περίπου χρόνο, η Βρετανική Κυβέρνηση τον
κάλεσε στο Λονδίνο, όπου και υπογράφηκε η Συμφωνία του Λονδίνου,
που ήταν η συνέχεια της Συμφωνίας της Ζυρίχης. Με τις Συμφωνίες
αυτές η Κύπρος θα ανακηρυσσόταν ανεξάρτητη Δημοκρατία.
Στις 16 Αυγούστου του 1960 η
Κύπρος ανακηρύχθηκε ανεξάρτητη Δημοκρατία και ο Μακάριος ανέλαβε
καθήκοντα προέδρου, αφού κέρδισε τις εκλογές στις 13 Δεκεμβρίου
1959, με ποσοστό 66.29%
Το Φεβρουάριο του 1968 ο
Μακάριος επανεκλέγηκε Πρόεδρος της Κυπριακής Δημοκρατίας.
Στις 8 Μαρτίου 1970 έγινε
δολοφονική απόπειρα εναντίον του Μακαρίου,
ο οποίος επέβαινε ελικοπτέρου, που θα τον μετέφερε στην ιερά
Μονή Μαχαιρά για το μνημόσυνο του Υπαρχηγού της ΕΟΚΑ Γρηγόρη
Αυξεντίου. Ο Μακάριος δεν έπαθε τίποτε, αλλά τραυματίσθηκε ο
χειριστής του ελικοπτέρου, ο οποίος κατόρθωσε να το προσγειώσει
σε οικόπεδο κοντά στην Αρχιεπισκοπή.
Μεγάλη σημασία έδιδε επίσης ο
Μακάριος και στα θρησκευτικά του καθήκοντα ως προκαθήμενος της
Εκκλησίας της Κύπρου, αλλά και ως ηγετική φυσιογνωμία στο χώρο
της Ορθοδοξίας. Έτσι, το Μάρτιο του 1971 μετέβη στην Κένυα, όπου
κατέθεσε το θεμέλιο λίθο της Ιερατικής Σχολής, η οποία
περατώθηκε το 1974 με δαπάνες της Αρχιεπισκοπής. Κατά την
επίσκεψη του στην Κένυα προέβη σε ομαδικές βαπτίσεις πέντε
χιλιάδων ιθαγενών περίπου.
Το Φεβρουάριο του 1973 ο
Μακάριος επανεξελέγη για τρίτη φορά Πρόεδρος της Κυπριακής
Δημοκρατίας. Την 7ην Μαρτίου του ιδίου έτους οι τρεις
Μητροπολίτες της Κύπρου αποφάσισαν «την καθαίρεσιν του
Αρχιεπισκόπου Μακαρίου Γ’ από του
Επισκοπικού και κληρικού καθόλου αξιώματος και την επαναφοράν
τούτου εις την τάξιν των λαϊκών», διότι δεν ανταποκρίθη εις την
απαίτησίν των να παραιτηθεί του Προεδρικού αξιώματος. Η πράξη
αυτή των τριών Μητροπολιτών καταδικάσθηκε από το λαό και δεν
αναγνωρίσθηκε από τους Αρχηγούς των Ορθοδόξων Εκκλησιών. Από της
5ης μέχρι της 14ης Ιουλίου 1973 συνήλθε στη Λευκωσία Μείζων και
Υπερτελής Σύνοδος, η οποία, αφού εκήρυξε αντικανονικήν και, κατ’
ακολουθίαν, άκυρον, ανυπόστατον και ανενέργητον την απόφαση των
τριών Μητροπολιτών, εκάλεσεν αυτούς εις επάνοδον εις την μετά
του Αρχιεπισκόπου προτέραν κανονικήν σχέσιν και κοινωνίαν και εν
συνεχεία καθήρεσεν αυτούς, επειδή παρήκουσαν στις υποδείξεις και
προτροπάς αυτής.
Την 15ην Ιουλίου του 1974 το
στρατιωτικό καθεστώς των Αθηνών διενήργησε πραξικόπημα για την
ανατροπή του Μακαρίου. Ο Μακαριώτατος,
διασωθείς ως εκ θαύματος, αναχώρησε την επομένη, μέσω Μάλτας,
στη Βρετανία και από εκεί στις Ηνωμένες Πολιτείας Αμερικής, όπου
και μίλησε ενώπιον του Συμβουλίου Ασφαλείας. Την 20ην Ιουλίου
του ιδίου έτους, η Τουρκία χρησιμοποιώντας ως πρόσχημα το
πραξικόπημα, εισέβαλε στην Κύπρο και κατέλαβε το 36% περίπου του
εδάφους της Κυπριακής Δημοκρατίας, εκδίωξε το 28% περίπου των
Ελληνοκυπρίων από τις πατρογονικές τους εστίες, σκότωσε αμάχους
και προκάλεσε τεράστιες καταστροφές.
Απεβίωσε στις 3 Αυγούστου του
1977.
Ο Μακάριος ανακηρύχθηκε
επίτιμος διδάκτωρ των Θεολογικών Σχολών των Πανεπιστημίων της
Βοστώνης και της Αθήνας, των Νομικών Σχολών των Πανεπιστημίων
Κεράλα των Ινδιών, Θεσσαλονίκης, Μπογκοτά της Κολομβίας και
Μάλτας και της Παντείου Ανωτάτης Σχολής Πολιτικών Επιστημών.
Επίσης τιμήθηκε με τα ανώτερα παράσημα των πλείστων Εκκλησιών
και Κρατών και με τα χρυσά μετάλλια Ελληνικών και ξένων Δήμων.